Normalmente gli studi clinici sono effettuati con singoli farmaci, mentre le metanalisi tendono ad aggregare farmaci appartenenti alla stessa classe terapeutica. Gli effetti stimati da uno studio clinico possono quindi evidenziare ciascuno l'effetto di un singolo farmaco mentre egli effetti stimati da una metanalisi tendono ad evidenziare l'effetto complessivo di una classe terapeutica di farmaci presumibilmente omogenei.
I suggerimenti relativi ad una certa modifica di pratica clinica che derivano da un insieme coerente di studi clinici sono quindi normalmente applicabili ad un singolo farmaco e non sono estendibili ad altri farmaci anche se appartenenti alla stessa classe terapeutica e presentano (apparentemente) lo stesso meccanismo d'azione. Ciò potrebbe essere superato, con estensione delle conclusioni a un'intera classe terapeutica (o a uno specifico sottoinsieme di questa) qualora diversi insiemi coerenti di studi clinici condotti ciascuno con un diverso farmaco appartenente alla stessa classe, forniscano risultati sostanzialmente coerenti tra loro e privi di bias importanti. Tuttavia, gli effetti di classe sono generalmente meglio valutati per mezzo di adeguata revisione sistematica e metanalisi con stima quantitativa dell'eterogeneità.
I suggerimenti derivanti invece da una metanalisi sono di solito da considerarsi validi per un'intera classe senza distinzione – quindi senza preferenza – per un qualsiasi farmaco appartenente a quella classe. All'interno di una classe possono comunque essere eseguite stime per sottogruppi di studi. A questo proposito, tuttavia, vanno considerate tutte le cautele relative alle analisi di sottogruppi. Inoltre, non è sufficiente determinare lo scostamento dell'effetto di un sottogruppo dall'effetto globale né il confronto dell'effetto di un sottogruppo di studi rispetto agli altri studi raggruppati, perché in questo caso si tende a concentrare tutto l'effetto osservato nel solo fattore "gruppo di studi", senza tenere conto delle influenze di tutti gli altri fattori di variabilità. Si possono eseguire, per ridurre l'impatto fuorviante di tale concentrazione di variabilità, o analisi di sensibilità, oppure analisi di interazione tra effetto primario considerato e classificazione degli studi in diversi sottogruppi. In entrambi i casi, tuttavia – e in particolar modo quando esistano forti sbilanciamenti di numerosità tra sottogruppi –, è bene esaminare insieme alla eventuale significatività dell'effetto osservato, anche l'intervallo di confidenza dell'effetto e la misura quantitativa di eterogeneità.
In queste linee guida ci si è prevalentemente attenuti ai risultati di metanalisi per la stima di eventuali effetti di classe, e ai risultati di insiemi omogenei di studi per la stima di eventuali effetti di farmaco.