La flessibilità è un aspetto indispensabile sia per lo sviluppo professionale del medico, cui deve essere garantita la libertà, e dunque la responsabilità della scelta medica, sia per il paziente cui viene garantito il mantenimento della relazione con il suo medico curante. Per adempiere a tale scopo, le linee guida non devono assolutamente mettere in difficoltà il medico che le voglia utilizzare, costringendolo a percorrere schemi diagnostici o terapeutici rigidi. Il fine è di fornire al medico un aiuto sussidiandolo nelle scelte quotidiane e permettendo una sua crescita professionale. Non si tratta di "fornire" una regola o un percorso rigido prestabilito a priori.[18] Infatti, le linee guida difficilmente possono prevedere tutta la complessità della condizione clinica. E qualora lo potessero, sarebbero molto complicate da consultare e dunque da applicare. Invece, risulta essere di molta utilità per il medico curante l'individuazione dei punti nodali, dai quali risalire alle relative evidenze cliniche e sui quali impostare il percorso e la decisione diagnostica e terapeutica. Potrebbe essere altresì utile l'indicazione dell'esistenza di aspetti ancora non chiariti. Il medico sarebbe libero di implementare le linee guida secondo la sua esperienza clinica rendendole più utili ed efficaci dato che lui solo è in condizione di conoscere la complessità della condizione clinica del singolo paziente.
La flessibilità diventa poi indispensabile affinché il medico possa esercitare il suo giudizio clinico caso per caso, e possa coinvolgere il malato nelle decisioni da assumere. Ciò è particolarmente rilevante qualora esistano diverse opzioni terapeutiche e la scelta fra esse si basi non solo sui differenti esiti, ma anche sui valori e sulle preferenze del malato.