Al momento non sono disponibili in Italia valutazioni affidabili e generali del rapporto costo-efficacia per molti dei principali trattamenti e procedure oggetto delle presenti linee guida. Qualora tali studi venissero eseguiti, bisognerà considerare i problemi di stima dei costi:
| esclusione di fattori di costo rilevanti; | |
| inclusione di costi la cui presenza nel progetto appare dubbia; | |
| valutazione impropria, o scorretta, dei costi; | |
| non adeguata considerazione dell’attualizzazione dei valori di costo; | |
| incertezza di stima (analisi di sensibilità); | |
| uso improprio dei costi medi; | |
| confusione e sovrapposizione tra costi e tariffe. |
In ogni caso, i costi andranno classificati come costi diretti, indiretti ed intangibili (che insieme costituiscono il costo totale), in relazione alla misura di efficacia e/o di beneficio definita come appropriata.