Numerosi studi hanno riportato una aumentata prevalenza di forme ovale pervio (FOP) e aneurisma del setto interatriale (ASI) nei pazienti con ictus criptogenetico rispetto ai controlli. Incertezze sussistono invece tuttora sul meccanismo patogenetico in presenza di FOP e ASI: oltre all'embolia paradossa vengono invocati la formazione di trombi in situ e la predisposizione allo sviluppo di tachiaritmie quali la fibrillazione atriale.